朱由检简单的介绍了锦衣卫的调查报告之后，就征求了孙承宗等人的意见，以总参谋部的名义下令封锁长城各关口，时间暂定为3个月。另外对宣府镇走私粮食和其他军用物资资敌一案进行全面调查，特别是对于张家口这个最大的物资输出关口，要进行重点控制。
从去年开始，战时大本营对宣府镇名下的军队就开始了整编，一部分宣镇将领和宣府官员被调离了当地。而袁崇焕编练的新军就驻扎在大同、丰镇，以监控新成立的内蒙诸旗和土默川的察哈尔部。
现在的宣大边镇，已经不在是某些世袭将领无法无天的自留地了。有了总参谋部的支持，加上后金入侵激发的民怨，锦衣卫也就可以对宣镇和张家口的走私集团，进行一次全面且彻底的清理了。
除了封锁张家口这个物资流出口之外，朱由检随即要求锦衣卫动员起最大的力量，除了控制京城、通州、天津三地的社会治安之外，另外派出人员同当地县衙、士绅合作，在北上各路口设置关卡。
设置这些关卡的目的，就是为了清查后金的奸细。从北方战区逃难南下的百姓可以粗略的检查，但是对于那些在这个时候还要前往遵化、迁安等地的人员，要进行密切审查，没有特殊原因不得北上。
除此之外，锦衣卫还应当同各县配合设置流民营地，以安置南下逃亡的百姓，禁止这些人乱跑乱窜，给京畿地区百姓带来恐慌情绪。
这场军议的前一个小时，讨论的都是关于锦衣卫的任务，当这些问题讨论完成之后，张世杰等锦衣卫指挥使便先行离去，准备执行皇帝所颁发的命令去了。
当会议室内只剩下了总参谋部的官员之后，朱由检才更换了语气，严厉的对着这些参谋们说道：“战争是集团和集团，民族和民族，国家和国家之间的最高斗争形式。失败者将会失去一切，而胜利者赢得所有。
朕作为大明皇帝，便是要带领诸位和全体国民尽一切努力去争取这个胜利，以维护大明的利益和民众的利益。
大明军队存在的目的就是为了打仗，为了保护大明百姓的利益。现在后金入侵我大明几乎已经成为定局，所以诸位要考虑的是，如何击败后金的入侵，保卫蓟州地区和整个北直隶地区的民众能够继续安居乐业。
除此之外的其他问题，都和诸位无关，朕希望你们能够只关注于战争问题，不要被社会上的舆论所影响，从而做出错误的判断。”
皇帝突然的警告，让孙承宗诧异了一下，但他很快就恢复了正常。数日前崇祯联合北方士绅在朝堂上打压了盐商背后的南方士绅集团，在现在这个局势之下，恐怕会有一些不甘心的人跳出来扰乱人心，以求能够通过外敌入侵来打击北方士绅，从而给自己创造翻身的机会。
现在这个警告，显然是要这些参谋们不要插手朝堂的政事。孙承宗很快便代替属下温和的回答了崇祯，表示总参谋部一定会好好教育内部人员，不会让他们作出令皇帝失望的事来。
于是，今日的军议才正式开始进入了正题。同内阁的几位阁臣相比，总参谋部的成员们却把这次后金的入侵当成了，一次能够证明总参谋部和编练新军能力的绝佳机会。
虽然内阁通过了筹备各地都督府，编练新式陆军的计划。但是除了西南、京畿、宣大、河南、甘肃五地成立了都督府之外，其他地区的卫所将领和地方督抚对于建立地方都督府兴趣都不大。
西南、宣大、河南、甘肃这五个地方之所以能够先建立起都督府，完全是因为去年战争和陕西大旱，使得这些地方的军队不得不听命于总参谋部进行整编。而京畿地区就没什么好说的了，这一地区本身就处在朝廷的直接控制下。
卫所将领和地方督抚之所以不愿意响应总参谋部建立地方都督府，都在于他们不愿意把自己手中的权力给交出去。
成立地方都督府之后，原本是一个个独立王国的地方卫所就等于被打破了，卫所将领对于军户予取予求的独裁权力，也将被都督府收回，这当然不是那些卫所将领所能接受的。
而地方督抚同样对建立地方都督府不感兴趣，他们原本已经控制住了地方上的卫所，就算没有这个地方都督府，也一样能够随意指挥地方上的卫所军。反倒是等这个地方都督府成立之后，督抚对于地方军队的控制权力就化为了乌有。
因此，只要不是面临战争危机和卫所财政问题，谁也不愿意让朝廷派员削减自己手里的权力。不过，不管是卫所将领、兵备道、兵马副使，还是地方督抚，也不敢公然反对内阁通过的改革方案。
他们不过是采取了消极抵抗，和不停的向朝廷发出题本，声称擅自更改祖制恐怕会影响各地卫所军队对朝廷的忠诚心，从而引发地方变乱。要求朝廷建立地方都督府的举措不要过于激进，而是以3-5年，或是以8-9年为期，妥当而慎重的逐步成立地方都督府这个机构。
总参谋部起初是以孙承宗的门生故吏为核心建立起来的新机构，它刚刚开始出现的时候，是为了整合五军都督府对各地卫所军队的统一管理权力，并架空了京城勋贵和将门充斥的五军都督府。
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