而皇帝作为一国之君，享有最高的行政权和对全国军队的指挥权。可代表国家签署对外协议，议会通过的各项法律也必须经皇帝签署后才能生效。同时，皇帝还可以提出最高法院大法官的人选名单，但必须经议会表决，半数以上通过才能任命。
为了辅佐皇帝管理国家，特设立了内阁作为最高的国家行政军事机构。内阁下设九部，任期五年。九部的名称和以前隋朝的三省六部有很大差异。
九部为：国防部、军部、内政部、财政部、文化教育部、外交部、科技部、情报部、刑部。
在这九部中，国防部和军部都是负责军事的。两者的差异在于：军部负责训练士兵、制定作战计划、在战时指挥作战。而国防部则负责负责军队的新兵招募、老兵的复员安置，军队的军需供应、军饷发放，以及军队的高级将领人事安排。国防部的官员基本都为懂军事的文官。军部的官员则基本为职业军人。
宇文明之所以要把军权一分为二，便是为了避免出现一支军队长久在某员将领的控制下，便变得只知有将，不知有皇的情况发生。他可不想让自己的大周成为以前历史中的大唐那样，全国尽是藩镇割据，皇帝拿那些节度使们毫无办法。
依照《大周宪法》中的规定，内阁首相由皇帝从九部部长中指定一人担任，负责召集内阁开会，并主持会议，代表国家行使行政权利。
同时，由于首相是处于一人之下，万人之上的重要位置。为了防止首相架空皇帝，以及军人干政的情况发生，《大周宪法》明确规定：国防部和军部这两个部的部长不能担任首相。
虽然此举明显限制了军方在内阁中的作用。但比起前朝来说，军人在政治上的待遇却是提高了许多。在大周的宣传中，军人是保家卫国的英雄，是民众的守护者，男人们都应该以当兵为荣。
内政部是负责平时国家经济建设、农业生产、工商业发展的部门，可以说和民众的联系最紧密。
财政部则负责户籍管理、收税，制定政府预算，管理中央和地方财政收入。类似于隋朝的户部。
文化教育部则负责管理全国的学院、私塾教育、编纂教材、组织科举考试等。类似于隋朝的礼部。
外交部则是负责对外交流，与他国谈判、管理在本国的外国人，以及和别国沟通交往，保护本国民众在外国的权益等。类似于隋朝的鸿胪寺。
科技部则是负责研究军事、民用技术，管理全国工匠的部门，作用类似于隋朝的工部。
情报部则是在原来大周锦衣卫的基础上改建的，负责收集国内外的各项情报，以供皇帝及内阁官员决策时参考。
刑部则和原来隋朝的刑部作用大致相当，负责管理全国衙役，侦破刑事案件。但和原来刑部不同的是：它没有审判犯人的权利，审判权已经交给了法院。它只能在抓到犯人之后，向当地法院提起公诉，经法院审理确认其犯罪后，才能判刑。
除了九部之外，议会和法院也是新鲜事务，让很多人都不明白是干什么的。
对此，宇文明也作了解释，他声称法院就是相当于大理寺的那种机构，专司诉讼。中央设立最高法院，在各郡县设立郡法院和县法院。民众有什么纠纷，都可以到法院提起诉讼。同时，对本级法院的判决不服，还可以上诉上一级法院进行二审。
此外，刑事诉讼，以及对贪污渎职官员的起诉也由法院进行审理。而涉及军队中的诉讼则，有专门的军事法院进行审理。
而议会这个新机构让很多百姓都摸不着头脑。按宇文明的说法，议会是将民间一些有声望的人组织起来，让他们参于朝廷的政策及法律制定，反映民间百姓的要求、监督官员的品行。避免高层官员和基层民众脱节。而这些议会的议员由百姓推举，每五年推举一次。
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