崇祯九年春，在唐峰刚离开榆林城之后，崖州知州派出两名衙差，到榆林去看一下那边的情况，毕竟唐峰在榆林扎根十一二年了，可知州都没有派人去看过，只听说那里发展得不错。
两名衙差到了榆林就被吓住了，这里怎么多出两座大城了呢，看这大城繁华的样子，不但是崖州城比不了，就连琼州府城，恐怕也没有这里这么富裕与繁华。
吃惊的衙差仔细打听情况，才知道这榆林城和三亚城都是琼州副总兵、琼州水师游击唐峰的领地。一个武将，拥有两座大城，有十万的人口，他这是想做什么呢？
衙差回去之后，马上向崖州知州汇报。
崖州知州感觉事情重大，马上向琼州知府汇报。
琼州知府知道最近几年唐峰在西北清剿民变，并将投降的流民送回榆林城开荒种地，他只是没想到唐峰竟会发展出两座大城。
琼州知府没有紧张，而是给唐峰发了公文，希望他来琼州解释一下自己的所作所为。
琼州知府的公文到了榆林，唐彬拿到之后有些紧张，唐峰不在，他也不知道怎么办，只好交给冯云处理。
冯云给琼州知府写了回文，告诉琼州知府唐峰在西北受伤养伤，并不在榆林城。在给琼州知府的私信中，冯云夹了一张五万两的银票。
琼州知府收了银票，这件事就没了下文。
不过，冯云还是让天网的人盯着琼州知府，如果有什么动作，尽快回报。
崇祯九年五月十五日（农历四月十一日），后金国大汗爱新觉罗.皇太极称帝，改元崇德，当年即为崇德元年。正式改国号“大金”为“大清”，改族名为“满洲”，定都沈阳，改名盛京。
皇太极称帝消息传到紫禁城，崇祯除了让人对其表示谴责，什么也做不了，现在他已经被国内的民变弄得头痛。想要对大清动手，那也得等处理好国内民变再说。
可皇太极并没等崇祯来找自己，而是先下手为强。
六月，皇太极命阿济格带兵六万，分三路奔向冀北，入独石口，八天后，会于北京延庆县，败明军七次，俘获人畜一万三千二百三十。七月初，北京全城戒严，清军经延庆入居庸关，取昌平，守城总兵巢丕昌投降，明德陵被焚毁，大军直逼北京西直门下。
崇祯帝大惊，命文武大臣分守都门，命兵部尚书张凤翼总督各镇援兵，让太监高起潜为监军，然而各镇基本按兵不动，即使有出击的机会，也不敢一战。
清军无意攻打京师，只在京城周围不断劫掠，消耗明军实力，入定兴，下房山，战涿州，攻固安，克文安，破宝坻，杀知县赵国鼎，陷顺义，知县上官荩自杀。清军至怀柔，占河西务，屯兵密云、平谷，一个月内，“遍蹂畿内”。
阿济格连克十二城，五十六战全胜，抢掠人畜约十八万口，金银无数。
八月二十日，清军撤退，大明兵部尚书张凤翼得知后，率军出京，在后面赶来，尾随清军，却不敢发动攻击。九月一日，清军携带掠获的十八万人畜及其大批物资从容出冷口，他们都穿起盛装吹吹打打地离开，他们还砍下木头，写上“各官免送”字样扔于路旁，戏虐大明将吏，浩浩荡荡，用了四天，才全部走出关外。
清军出关后，张凤翼恐被问罪，自杀于军帐中。
清军第三次入关的消息传到西北，张壮正带军与曹变蛟一起围住了过天星这一支三万多的人马。崇祯九年开始，西北官军清剿民变的成绩斐然。
一月，卢象升在滁州击散高迎祥李自成部，斩获四千多首。
三月，高迎祥李自成分兵，高迎祥一路走一路吸收流民，迅速扩大到十万人左右。有了充足的兵力，高迎祥想出其不意，攻下西安。
此时洪承畴正与李自成战于陕北，负责西安防区的是新任陕西巡抚孙传庭。
为剿灭起主军，孙传庭在榆林建军，号称秦军。
秦军虽然只有两万，可面对十万的高迎祥的队伍，孙传庭没有害怕，而是充满信心。
在与自己的参谋们商议之后，孙传庭料定高迎祥的人马肯定会从子午谷入，然后直逼西安。孙传庭于是将自己的两万秦军埋伏在子午谷的黑水峪，以逸待劳。
果然，高迎祥的行动被孙传庭料中，十万流民被两万秦军击溃。
高迎祥在战斗中受伤，躲到一个山洞里。孙传庭咬着高迎祥不放，派出几千人，终于将受伤的高迎祥生擒。
高迎祥被擒的消息传到紫禁城，崇祯帝一时还不敢相信，在西北纵横七年的‘闯王’竟然被擒了。高迎祥迅速被押往京城，最后被崇祯处以凌迟，因为一年多前，挖朱家祖坟就是高迎祥带的头。
不过，当起义军首领们得知崇祯凌迟高迎祥之后，他们不但没有害怕，而且开始以同样的血腥的手段对付朱家皇室。起义军每克一个大城，凡朱家的人，不管是否投降，一律处死，而且是全家斩绝。义军与朱氏皇朝，终于形成不死不休的局面。
清军第三次入关，崇祯召卢象升率天雄军保卫京城。
卢象升回京城，却没有碰上清军，清军已经撤退。
此时西北官兵们清剿民变取得不少的成绩，由于孙传庭的崛起，崇祯没有将卢象升放回西北，而是让他留在宣府，总督宣（府）、大（同）、山西军务。
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