这么庞大一政治势力，显然需要占据不少朝堂关键位置。之前咸丰帝还在之时也就算了，眼下怎么可能还让肃顺派系拥有如此强大实力？
而且肃顺在整顿官场风气的同时，又大肆包庇同盟官员的不法行径，为此得罪的朝堂势力当真不在少数。
肃顺在“戊午科场案”繁荣具体执法中存在明显不公，如他袒护陈孚恩，使其免受案件牵连。更让人不齿的是，两年后肃顺监视庚申恩科，居然为了能让幕僚高心夔中试，不惜考前泄题，实“为科甲中人所切齿”。可以说，肃顺打掉了一只老虎，却又养了其他老虎。
彻查“户部宝钞案”时，肃顺从调查五宇官号账目入手，刨根究底，将户部整个掀了个底儿掉，涉案人员几百人，抄没户部司员、商户及满族宗室数十家。
可就在案情渐趋明朗之际，咸丰九年十一月，户部稿库突起大火，“三日不息，存案悉毁”，“宇廨尽焚”，“统计延烧、拆卸房屋二百余间”，致使户部积案无可稽查。
偏偏在此关口，户部起了大火，这令咸丰坚信其中定有更大阴谋，遂命肃顺详查。有了皇帝的力挺，肃顺办案愈发酷烈，定要揪出幕后的“大老虎”。
几经核查，耗时一年，肃又将户部司员景雯、崇贵、常禄、忠麟、王熙震诸人利用短号钞换取长号钞，从而吞没巨款的案情查出。经过反复逼供，忠麟等供认此事曾经时任户部尚书的翁心存过目，但翁漫不经心，故毫无察觉。
拿到证据，肃顺立即启动对翁心存之弹劾，终使朝廷对翁予以革职留任之处分。而时任大学士的祁寯藻，因对肃顺办案作风不能认同，二人屡次发生冲突，“肃顺议论风发泉涌，寯藻格格然勿能难”，不得不称病辞职。
这场轰轰烈烈的“户部宝钞案”前后延续长达两年多，“波及至数百人，系狱至两三载，南北两监，囚为之满”，确也暂时压制了官场贪贿公行的风气。
可肃顺以查案之便借机排挤了祁寯藻与翁心存，使个人势力继续膨胀。不过这种大肆反腐的举动，让官员们人人自危的同时，也迫使他们开始私下紧密抱团，以求自保。
难怪有大臣感慨“然昔岁科场，今兹储库，屡行大狱，亦非国家之福也”。肃顺得到了权力却失去了人心。这波“打老虎”运动，终究还是变了味道。
肃顺不仅得罪大部分非本派系朝臣，还利用手头权势压得恭亲王几乎无法翻身，这样的‘其耻大辱’恭亲王又怎会轻易忘记？
与肃顺风生水起的架势迥异，奕欣的境遇只能用尴尬来形容。
其实自从被咸丰撵回上书房后，奕欣就一直处于不尴不尬之地。待肃顺得势后，其处境愈加微妙。
咸丰八年，奉旨赴天津与英法议和的大臣耆英擅自回京，引来皇帝震怒。围绕如何处置耆英，朝堂形成两种不同意见：奕欣依循大清律例，认定耆英不遵旨私自返京，确属冒昧糊涂，但其并非统兵将帅，也无碍大局，况且律例中也无如何具体惩处的专门条文，故建议从轻发落为“绞监候”（死缓）。
可肃顺却是一点面子都不给，极力主张必须矫枉过正，立即正法。咸丰对二人建议做了折中，赐耆英自尽，实际上变相采纳了肃顺的主意。哥哥偏向宠臣而不听亲弟之言，这不免让奕欣心生芥蒂。
而且肃顺如此跋扈行径，也让年少气盛的恭亲王极为不快，太不给面子了……
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