恰在此时，曾国藩的政敌们正好以此为借口，对他大加攻击。朝廷见他连战无功，也连连降旨严加斥责。曾国藩忧愤成疾上疏请求辞职。
朝廷也怕他在剿捻过程中再一次强大起来。于是改派李鸿章为钦差大臣，节制湘军和淮军，接替曾国藩的职位负责剿捻，曾国藩仍然留任两江总督。
曾国藩这次剿捻失败的原因，其实并非是由于他指挥战略上的失误，而是由于人力，人心因素造成的。
首先是参加剿捻的湘军，其精神状态已远非昔日可比，他们攻克天京时就已锐气全消，纪律松弛，日渐腐败，当听到要随曾国藩北上剿捻时他们一来耐不住北方的天气寒冷，二来也没有什么进取心，不想再受行军打仗之苦了。所以纷纷请假，竟然没有一个人自愿到北方去打仗。由此可见，如此一支疲懒之师，怎么能对付得了纵横飘忽，英勇善战的捻军呢。
其次，曾国藩这次领兵剿捻所率军队是由湘军和淮军两部分组成。湘军固然腐败，淮军也不受曾国藩的调遣。他们实际上受李鸿章的支配，对于曾国藩的命令，淮军诸将当面应承，背后却写信给李鸿章要求改变前命。
一干换被系将领挑肥拣瘦，推三阻四，李鸿章把部队交给曾国藩，虽然二人有师生之谊，但仍不放心。他的部将每次向他求情，他都写信给曾国藩进行干预。这样一来曾国藩后来不得不把要向淮军将官下达的命令，预先写信通知李鸿章，然后再由李鸿章下达。这样一来命令从下达到执行的时间大大加长，往往贻误战机。
因此，曾国藩虽然制定出了一套比较正确的作战方针。但由于以上两个致命原因，他无法像镇压太平天国时那样得心应手地指挥部下，抓住战机夺取胜利。
事实也证明了曾国藩的战略方针并没有错，李鸿章后来就是力排众议，坚决执行曾国藩的河墙战法。将捻军束缚在一个较小的范围之内，使他们无法发挥纵横驰骋，流动作战的优势，最终被聚而歼灭，当然吧这是后话暂且不表。
……
清军接二连三在捻匪手上吃亏，不仅朝廷震动担心又出来一个太平天国，就是各省清军都难免心生惴惴生怕被调去剿匪。
当然吴可没这想法，捻匪虽然表现惊人，但他还没放在眼里。当初在河南以及淮北之时可没少打交道，当时捻匪正是鼎盛之时，不也被乡勇队压得死死的动弹不得，之后更是被杀得大败逃散，对付捻匪根本就无任何心理负担。
本来朝廷还有意调拨两广清军助剿，不知道为何最后却没了音讯，吴可对此也不在意正好省却了一桩麻烦，他现在头疼的是如何剿灭贵州突然暴起的骚乱。
没错，就在北地捻匪肆虐，满清重将蒙古亲王僧格林沁战败被杀，湘军主帅亲率大军围剿也连连战败无功而返之时，好象约好了似的，他那岳父老子张亮基所辖云贵突然暴发大规模苗民骚乱，吴可自然得着紧派出兵马帮助岳父大人平息治下叛乱，尽快恢复云贵两省的稳定和秩序。
真是邪了门了，原本湘军主力收复金陵，煊赫一时的太平军主力覆灭，眼下着多年的战乱即将平息，谁料不过短短一年时间过去，南北两地的战火不仅没有平息迹象，甚至还有越演越烈的摸样，朝廷就是想要休养生息也不得闲，更不要说吴可这些亲临战乱一线的封疆大吏……
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