由于王辰浩掌握了京畿直隶军政大权，康有为等人也无法左右王辰浩的决定，只能眼睁睁的看着光绪成为名符其实的无权皇帝了。
王辰浩同手下人商议过后，决定在中国历代三省六部制基础上，参照美国三权分立制和英国君主立宪制下的相关国家宪法，弃其糟粕取其精华，打造属于中国自己的并具备现代意义的国家制度。
三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。它确立于隋朝，此后一直到清末，六部制基本沿袭未改；对于三省制，其中尚书省形成于东汉（时称尚书台）；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。各不同时期的统治者做过一些有利于加强中央集权的调整和补充。
王辰浩认为，西方的政治制度大体上都是根据中国古代的政治体制演化而来，因此没必要照搬西方政治制度。但是西方政治制度中很大一部分是先进的，符合当前中国的政治需要，因此这部分制度予以引进。整体上本着取其精华弃其糟粕的构想来打造中国特色的政治制度。
王辰浩在三省六部制的基础上提出五省九部制，五省九部，意为九五之尊，象征国家最高权利。五省分别为立法省、司法省、行政省、监察省和廉政省。规定，立法权属于由参、众两院提名选举产生的帝国国会。行政权属于总理大臣；司法权属于最高法院及国会随时制定与设立的下级法院。监察权属于帝国合法公民，以最高人民检察院对帝国五省实施监督，防止权力腐化。廉政省以帝国廉政公署作为主要权利机关，对帝国官员实施监督、反腐、倡廉，是对监察省的权利补充和牵制，防止监察省自身权利腐化。五省中，立法、司法、行政三省是行驶国家职能的主要机关，三者相互牵制制衡。监察省和廉政省是对其他三省的监督和检查，同时监察省和廉政省之间又相互监督，不至于腐化变质，即达到明朝初期的东厂的职能，又防止像明朝中后期东厂腐化的现象发生。
根据五种权力相互制衡的原则，宪法还规定,国会有权要求总理大臣条陈政策以备审议,批准总理大臣对外缔结的条约，建议和批准总理大臣对其所属行政官员的任命，通过弹劾案撤换总理大臣，有权建议和批准总理大臣对联邦最高法院法官的任命，宣告惩治叛国罪，弹劾审判最高法院法官，弹劾最高人民检察院和廉政公署官员；总理大臣对国会通过的法案拥有有限的否决权,总理次大臣兼任参议院议长,总理大臣还拥有特赦权、对最高法院法官的提名和任命权；最高法院法官、最高检察院法官，廉政公署法官等在总理大臣因弹劾案受审时担任审判庭主席。此外，根据惯例，最高法院有权解释法律，宣布国会制定的法律违宪无效。
九部分别为司法部、外交部、财政部、内务部、教育部、国防部、交通部、商贸部、农工部。
大部分部门同欧美列强国家的部门职能差不多，只有个别部门融入了王辰浩那个时代的思想。例如国防部一词首次提出，统和陆军、海军和空军，统一管理全国武装力量的建设工作，如武装力量的征集、编制、装备、训练、军事科研以及军人衔级、薪给等。国防部的工作由具体交给总参谋部、总后勤部、总装备部分别办理。国防部不负责统帅和指挥全国武装力量，凡涉及对外军事交往活动一般以国防部的名义进行，具体军事作战则由总参谋部执行。内务部也比其他列强国家的部门强大，囊括了几大部门，如民政总署、警察总署、宪兵总署、卫戍总署等部门。
人士任命上，王辰浩将原直隶总督府各部门总长升级为帝国内阁下辖的各部大臣。周复出任司法部大臣，伍廷芳副之。李鸿章出任外交部大臣，唐绍仪为次大臣。教育部大臣为蔡元培，商贸部大臣张謇，内务部大臣张枫，财政部大臣宋汉章，交通部大臣詹天佑，国防部大臣王士珍，内阁秘书长阮忠枢，副秘书长杨士骧等，但凡国家要害部门的人士任命，都是王辰浩的嫡系人员担任，原来清政府中央的官员不是被提前退休，就是安排到偏远部门。
中央的人士任命激起了相当一部分清廷旧官员们的抗议，但他们也就只能抗议一番，在王辰浩的巨舰大炮面前，他们也不敢有什么出格的动作。王辰浩特意委任庆亲王奕劻为内阁次大臣，给足了奕劻的面子，让旗人子弟无话可说。奕劻碌碌无为，次大臣不过是个摆设而已。但王辰浩给奕劻以重金贿赂，利用奕劻在宗室和朝廷的地位，拿奕劻去搪塞来自京城各方的旗人子弟。对于奕劻来说，有奶便是娘，明知道王辰浩拿他当枪使，他也不在乎，反而心甘情愿的为王辰浩做事，在奕劻的弹压下，京中旗人子弟也闹不起来了，帮王辰浩解决了很多棘手的问题。
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