李茂回到剑州，正是盛夏季节，山中植被好，天气只是正午时分稍热，早晚都很凉爽，李茂却还是发现满营的伤兵，一问原因方知，蜀地夏季湿热，北方士卒耐不住南方的湿气，纷纷病倒，训练最有数的高崇文部一时竟有四分之一的士卒病倒不能动。
高崇文见李茂回来大喜，告之隐忧，李茂问道：“为何不禀奏朝廷调派军医和草药。”高崇文道：“朝中刘辟耳目众多，恐消息走漏，坏我大事。再者，北地士卒不能忍耐此地湿热，便是有医生来也无济于事。”
李茂也无计可施，高崇文部因病不能出战，让一片大好的前景又蒙上了一层阴影，为恐被刘辟窥出虚实，高崇文、李茂和严砺商议后，决定走步险棋：严砺借兵七百给刘悟，由刘悟突进至梓州——既是从侧旁牵制刘辟，亦是破除北地士卒染病不能战的传闻。
高崇文主动放弃梓州，使得梓州又成一座空城，如当初李茂所料，刘辟不愿意发兵至此，连派个刺史都提不起兴趣。刘悟忽然兵临城下，以为城池唾手可得，却不想遭到梓州民军的迎头痛击。
刘悟臂膀中箭，跌落马下，被战马拖着走了十几丈，左肩磨去一大块肉。刘从谏大怒，赤膊攻城，城破，杀民军三千五百人。谎称斩西川兵五千。
李茂闻听真相，深感震惊，但此时此刻，不是追究刘从谏滥杀的时候，眼下最要紧的是赶紧把人治好。使三军恢复战斗力。
这段时间，李茂做了三件事，一是在刘辟的后院点了把火，迫使刘辟把擅于打伏击游击战的五院子弟回调腹心地区，减轻了运输线的压力。
这项计划由已经适应山地密林地区作战的左龙骧军担任，李茂只派了五百人，化整为零后变成二十小队，在刘辟的大后方制造了不小的恐慌，作为应对之策，刘辟令五院军回援，五院军平素骄横跋扈，在西川不得民心，虽是内线作战，亦无地理优势，莫说绞杀左龙骧军，反而被屡次交锋中大败特输。
刘辟不得已，只能起用自己的女婿苏疆为五院军兵马使，苏疆却不愿趟这趟浑水，滞留鹿头关不动。
李茂做的第二件事，是与右龙骧军密切合作，清肃山南地区，目标是刘辟和吐蕃布设的奸细，目的是为南征大军打造稳固的大后方，顺势将龙首山情报网铺展到终南山以南地区。这件事对林英而言，也是有利无弊，他乐得配合。
李茂做的第三件事，是协调向川中调运军医和草药。
李师古死后，济民生医学院便从郓州官府的视野中消失了，李师道认识不到此物的重要，在宠信的家庭医官黄大仙的不断诋毁下，济民生医院在官府和军中渐渐失去市场，这反而成全了李茂当年苦心经营的产业——根治民间，服务平民，济民生医院如雨后春笋般在河朔大地上勃兴起来。
因为朝廷要对西川用兵，粗通医理的李茂一早就判断军中有可能会流行疟疾等疾病，为此他专门致函葛氏夫妇，请求支援。葛氏夫妇不问政治，但对军中大规模疾病流行却甚为关切，当即派得意弟子王念复赶赴长安听命。
李茂安排部分医护人员随李先奕部和李光颜部出行，军中疫病流行时，随队医官及时动手将其遏制，刘悟部本也有医官随行，路过兴元府时，却被刘从谏留了下去，致使军中疫病流行后束手无策，又因军中多老弱，死伤甚重。
王念复将集结在长安的二十名医官分作六队，李茂遣六名随鸾校尉沿途护送，分头奔赴五军。分去高崇文部的最多，一共九名医官，其次是刘悟部，该部疫情最重，但不是南下主力。严砺部和尹牧部最少，蜀地降卒和山南兵适应蜀中气候，并无疫病发生，李茂各派了两人前去做预防措施。
葛日休夫妇选调的这些医官都是经验丰富之辈，领队的王念复更有“神医”之名。
即便如此，在行前，葛氏夫妇还是就一些常见的军中易发疾病做了重点指导，众人是有备而来。饶是如此，诊断病症，对症下药，加上临床试验，还是耗去了一些时间。
军中的疫情得到了有效控制，被破坏的粮道逐渐恢复，潜伏流窜在山南西道的西川和吐蕃奸细被大量清除后，后方的粮食补给线有了切实保障。
为了减轻运输压力，尽可能的使用民力，在李茂的建议下，朝中在剑州、阆州设立军粮收购点，高价收购本地军粮，而将关中运输来的军粮在兴元府、凤州、兴州等地低价发售，山南百姓从三地购粮，自行组织民力将粮食运抵剑、阆两州，再转卖给官府，出人出力赚份辛苦钱，这比官府出面组织民力运输粮食节约了费用，提高了效率。
更主要的是此举使五院子弟在山南西道失去了立足之地，在利益面前，当地土著视西川外来户为敌，无人再愿意再跟西川人合作。
由此后方大定，抢运至关中地区的粮草迭次南下，军需供应充足、有保障。到元和二年夏末秋初，三军战力逐渐恢复。
高崇文、严砺主张立即进攻，赶在冬季来临前打破成都，全体将士在蜀地过个安定祥和年。
李茂道：“看两位将军龙精虎猛，小弟还有一计未施，此计用来，或可迷惑刘辟，减少阻碍。”
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