安德海离京后，正逢慈禧太后染病，由同治皇帝批阅奏折，这样一来，同治皇帝就有了剪除安德海的绝好机会。接到丁宝桢关于安德海的折子后，同治皇帝瞒着慈禧立即召见了恭亲王奕和内务府大臣明善及其他有关大臣，决定让恭亲王马上赶到军机处，命军机大臣宝望执笔拟密旨，将安德海就地正法。旨曰：“览奏曷胜骇异，该太监擅离远出，并有种种不法情事，若不从严惩处，何以肃宫禁而儆效尤，著丁宝桢速派干员于所属地方将该蓝翎安姓太监严密查拿。令随从人等，指证确实。毋庸审问，即行就地正法，不准任其狡饰。如该太监闻讯折回直境，或潜往河南、江苏等地，即著曾国藩等饬属一体拿来正法。其随从人等，有迹近匪类者，并著严拿，分别惩办，毋庸再行请旨。倘有疏纵，唯该督抚是问。将此由六百里各谕令知之。钦此。”同治安排好一切，怕慈禧闻讯生出变故，特别叮嘱，廷寄明天晚上一定得递到。兵部驿使接旨后，以六百里加急递往山东。
在捉拿安德海时，安德海的几个随从上街玩耍，漏网后连夜跑回北京，后由李莲英将情况禀告了慈禧。所以，皇帝的圣旨未到，慈禧太后的懿旨就先到了济南。何毓福等人建议丁宝桢接旨不开读，因为内容一定是赦安德海，如不遵照执行，便有欺君之罪；如开读，放回了安德海等于放虎归山，将来谁也不会有好果子吃。按规定办没错，太后的懿旨应隆重开读，先供奉起来，建皇亭接懿旨才行。于是，丁宝桢在院东建皇亭。以争取时间等候同治皇帝圣旨的到来。此时慈禧尚不知安德海大祸临头，因安德海得罪的人太多，不得人心，所以同治皇帝和恭亲王的密谋得以不泄。
第二天晚上，廷寄到了丁宝桢手中。丁宝桢即命臬司潘蔚立即批了斩标，由抚标中军绪承监斩。历城知县即刻命人到狱中将安德海提到巡抚衙门，验明正身，几个戈什哈架着被绑的安德海来到西刑场。这时号角吹响，刽子手大刀一挥，安德海的人头便滚落在地上。至此丁宝桢总算报了当年的一箭之仇。
事后慈禧得报后大怒，但此时已经无从挽救了。慈禧静下心来之后，考虑反正安德海已经死了，人死不能复活。丁宝桢建皇亭接懿旨形式是尊重她；安德海出京犯了大清律，一路僭越无度罪不可赦；丁、何等人奉旨杀安德海名正言顺。不能为了一个奴才，怪罪皇帝和大臣。她心中虽有不满，但事到如今，也只能认可了，所以再也没有过问。丁宝桢、何毓福等官员则因为诛杀安德海为民除害，朝野赞许，闻名于世。
此时进京述职的丁宝桢，在闻知林义哲“私通法酋”后，又拿出了当年的派头，跑到吏部要求定林义哲的罪。
“私通外国，挟洋自重，这是大罪！如不严加惩治，只怕日后外官都要学他的样儿了！一旦有事，各自私通敌酋，国亡无日矣！”
看着丁宝桢唾沫星子横飞的样子，坐在那里的满尚书文祥和汉尚书单懋谦都显得有些头痛，但碍于面子，谁都没有说什么。
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