但是，他的“修边筑堡、以守为战”的存辽大计，与时任辽东经略的杨镐之议不和，后被排挤，转岗督学南直隶。
万历四十七年，著名的萨尔浒之战发生，辽东经略杨镐指挥的四十七万大军惨败。
朝廷经廷议，遂擢升熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，取代杨镐为辽东经略，从而使大明王朝辽东战局大为一振。“由是人心复固。”
熊廷弼镇守辽东，居功至伟。其终被问罪，原因是多方面的。
在韦宝目前了解到的情况看来，概括起来大致是三个原因。
一是天子更替。二是党争之害。三是熊廷弼这个人本身之性格。
一朝天子一朝臣，这是历朝历代的特色之一，明朝也不例外。
熊廷弼是在万历朝被重用的，万历皇帝虽说长年罢朝，但是对熊廷弼仍相当信任。
万历的用人原则，也是疑人不用，用人不疑。
毫无疑问，在万历去世之前，熊廷弼的方针政策均得到万历皇帝毫无保留的支持。
有人甚至认为，万历皇帝与熊廷弼是“军事战略上的知己之交”。
正因为如此，万历皇帝特赐熊廷弼尚方宝剑，“重其事权”。
其实，在万历年间，熊廷弼被言官谤议攻击的事情，从未间断，特别是在镇守辽东的不长时间内，各种弹劾之奏疏，不绝于耳。
但是，万历皇帝从来不听。他对熊廷弼的建议和主张，统统予以支持。
这一点，仅从简单的《明史熊廷弼传》就可以看出来。
凡是熊廷弼向万历皇帝的上疏，记载皆为“疏入，悉报允”、“疏入，帝从之。”
万历皇帝曾针对言官的弹劾，对熊廷弼批复过一段相当有意思的话。他说：“辽事败坏，皆地方官玩曷所致，熊廷弼一意振刷，恢复封疆，朕深切依赖。今夷情甚急，岂经略释肩之时，自弃前功！着益殚忠任事，与诸臣协心共济，毋为人言所阻”。
这段话，可以看出，万历皇帝对熊廷弼的“深切依赖”，以及对一个重要臣僚的“语重心长”。特别是一句“毋为人言所阻”，更是推心置腹、坚定决心。
照通俗的话语解释，意思就是你放心，让别人说去吧，一切无妨，照你的思路干去下吧，朕支持你。
据说，万历临死之前，身患重病，依然对熊廷弼分外关注，别的奏疏可以不看，唯独熊廷弼的奏疏另眼相待，非看不可，且还要一一批复。
只可惜，万历皇帝的庇护很快结束了。万历四十八年七月二十一日，明神宗卒。明光宗继位，不到一个月，也死了。
明熹宗朱由校即位大统。
言官文臣立刻磨刀霍霍，群起攻击熊廷弼。
自泰昌元年始，攻击熊廷弼的言论就如雨后春笋，蜂拥而出，“诋廷弼废群策而雄独智”。
韦宝知道，辽东是出风头的地方，也是火山口。
稍微有点成绩，能传遍整个朝廷，稍微有点过错，也能把一个正常人完全的妖魔化。
可以说，绝大多数的内容，都是老调重弹，但问题是皇帝换了。
明熹宗毕竟不是熊廷弼的知己，他派了一个兵科给事中朱童蒙前往调查，这个人，还算公允，承认了熊廷弼经略辽东的成绩，但是因为熊廷弼曾为弹劾之事“掼纱帽”，他的结论有一句话“廷弼功在存辽，微劳虽有可纪；罪在负君，大义实无所逃。此则罪浮于功者矣”。功劳是有的，但是掼纱帽则有负皇恩。一个“罪浮于功”，熹宗皇帝便将其打发回家了。“朝议允廷弼去，以袁应泰代”。
结果，一个不懂军事的文官袁应泰成了辽东经略，直接导致了沈阳陷落，其本人也战败身死了。
熊廷弼倒霉的第二个原因，熊廷弼不慎卷入党争。
明末朝政腐败，党派林立，党争迭起。
以原吏部郎中顾宪成为首，一批下野官吏在无锡东林书院讲学，讽议朝政。一部分在职官吏如赵南星等也遥相应合。东林党因此得名。
与此同时，另有一批官吏士绅组成浙、齐、楚、宣、昆各党派。
这些党派既互有矛盾，又互为利用。
其中，以东林党人势力最为强大。
起初，乃是东林党与齐楚浙三党之争，后来则演变为东林党与阉党之争。
到明熹宗天启年间，东林党人得势，浙昆宣各党派受排斥。
于是，以魏忠贤为首的阉宦便与浙齐楚宣昆各党中的一部分人结成联盟，被东林党称为“阉党”，异军突起，形成了直接对抗。
照理说，熊廷弼原为楚党，与东林党人并不是一路人。
但是，当时的东林党代表人物杨涟等人，突破门户之见，曾在辽东军事等问题上为熊廷弼说过好话，熊廷弼同后来的所谓“东林党六君子”，也有不错的个人关系。
这一切，为其最终的杀身之罪理下祸根。
或许，人称“九千岁”的宦官魏忠贤的思路也是简单的，政敌拥护的，咱就要坚决反对。
明史说：“天启元年，沈阳破，应泰死，廷臣复思廷弼”。也就是说，袁应泰一死，辽东战局告急，“烟火断绝，京师大震”。
满朝上下，这才想起熊廷弼来。甚至有人感叹：“使廷弼在辽，当不至此。”于是，熊廷弼被召出山，重任辽东经略。
然而，阉党们不放心，“搭班子”的时候，生生替他配了一个叫王化贞的巡抚。
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