当黎同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统陈事时，须先知会总统府秘书长一同入见。这个规定也是令人不解的，原来黎做总统后，段从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎时也并不尊敬，黎有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”
徐树铮有才气但任性，段能倚信徐树铮，实在很难得，可是徐树铮的缺点是跋扈，很难与人共事。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权，那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧，孙主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言，小徐竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事，孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹，而段却有左袒小徐的意思。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几全集中于徐树铮之手，不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意，不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火药气氛接近爆炸。这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？
段祺瑞无言回答，只说了一句：“又铮荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙乃于八月三十日愤而辞职。
事情闹到后来无法收拾，于是有着水晶狐狸之称的徐世昌出面来调停，徐世昌到府提出府院威信双方兼顾的办法，就是孙洪伊、徐树铮两人同时免职，并且推荐张国淦继任院秘书长。他认为张国淦以前做过府秘书长，又做过段内阁的阁员，这样一个与双方都有良好关系的人继任秘书长，一定能够融洽府院感情。
最后黎元洪接受了徐世昌的建议，孙洪伊、徐树铮两人同时免职。一般人都认为府院之争以黎元洪的服软而告终，哪知道一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方斗争更趋激烈。
第一次世界大战中，德国潜艇无限制进攻引起了美国的极大反感，乃于民国6年2月3日正式宣布对德绝交。中国驻美公使顾维钧把美国总统威尔逊的决定电告北京，这时北京的各国驻华使节都积极活动争取中国，在此以前中国是坚持中立的。2月4日，美国照会中立各国政府，欢迎各中立国和美国采取一致的行动。美国驻华公使芮恩施竭力劝告中国政府响应美国的号召，以加强中美合作关系。外交总长伍廷芳主张走美国路线，以争取美国在经济上和政治上援助中国，抵制日本侵略，并在战后国际和平会议上有发言权。这些利害关系很能打动黎元洪。可是段祺瑞一向是亲德的，他平素吃西药，非德国药不吃，同时深信德国陆军无敌于天下，最后胜利必属于德国。不过段这时正和日本亲近，日本已和德国宣战，因此段很想听听日本方面的意向。
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