有了叶向高的帮助，其他几位阁臣先后同意了朱由校的想法，把他原先制定的计划，迅速的加以贯彻实施。短短几天时间里，所谓逆案中最核心的王家和郑家就被定下了罪名，王兆铭、郑国泰和王永斗斩立决，除了几个年龄实在太小的娃娃得到赦免，其他的成年男丁全都秋后问斩，原本显赫一时的王家和郑家彻底云消雾散。
除了王家和郑家，这次逆案还牵涉到了大批的人，郑家还好，只是个凭借女儿发家的暴发户，虽然显赫了数十年，可一朝崩溃，受到牵连的人却并不太多。能够上台面的，更是少之又少。
可王家却不同，王家传承百年，声势显赫，又和各方势力广有联姻，比如张四维，这个万历年间的内阁首辅，就是王崇古的外甥。朝廷要抄王兆铭的家，几乎是在硬生生拔掉晋党，不但晋地的士林反对，其他各方势力也纷纷掣肘。
不过，王兆铭父子谋逆的罪名清清楚楚，又有王在晋挥舞着追查走私的旗号在一旁策应，还有王家勾结白莲教窃取大明气运这样的大杀器在，朱由校所需要考虑的，仅仅是株连的范围有多大，而不是王家的旧亲戚是何意愿。
一时间，三晋大地哭声不断，从京城赶过去的抄家队伍不断奔波，敲开一家家地方势族的大门，把他们的家主打入监牢，把他们的财物装上大车，把他们的土地店铺登记造册。仅仅在蒲州一地，朝廷就抄出了上千万的财物，这还是抄家差役中饱私囊后的结果。
对此，朱由校龙颜大悦，大笔一挥，就免去了山西本年的赋税，又拨给山西和抄家所获价值相等的银元，让山西地方整修道路兴修水利，成功的安抚了山西百姓的不安情绪。
不过，对山西地方势力进行打击，已经是天启三年的事情了，王家定罪的时候已经临近年关，天启二年已经没有时间可以利用。而对山西百姓的安抚，却是天启四年的事情，此时天启新政已经成功的实施一年，算是扎下了根脚。而对王家羽翼的清理，前前后后，竟然持续将近一年。
时间持续这么长，一方面是因为株连到的家族需要一一甄别，另一方面却是为了给新政保驾护航，很多对新政怀有敌对心理的官吏士子，都被安上了王家同党的罪名，被流放到各处偏地僻壤，为当地的文化发展做贡献。
可不管怎么说，通过对王家的打击，朱由校终于树立了绝对的威信，处理政务时，已经有了撇开内阁单独决定的能力。而这样大的权力，却是太祖、成祖两位皇帝后任何一位皇帝都没有做到的，就连善于权术的世宗皇帝，也没有做到这一点。
当然，朱由校大肆排除异己也不是没有后遗症。由于王家勾结白莲教窃取大明气运一直在民间私下流传，一些野心勃勃的人就误以为大明气运已尽，天下到了该改朝换代的时候了，纷纷揭竿而起，高迎祥、张献忠等等，纷纷在陕西起事，而四川、山东，也有些山贼草寇趁机作乱。
可现在的大明却和朱由校记忆里面的那个大明有着明显不同，建虏这个外患受到极大打击，被驱赶到更北，更冷的地方挣扎度日；蒙古这个大明的世敌被人为的分割成两半，正在互相攻伐，两者都不能给大明制造太多的压力，使得大明有更多的精力在内政上，兴修水利，劝农劝桑，赈灾放粮，组织移民，各地百姓的日子要给另一时空中好的太多，高迎祥等人舍命一搏，完全是不合时宜。
况且，朱由校可不是崇祯皇帝那样的糊涂虫，不会在抚剿上摇摆不定，高迎祥刚刚起事，朝廷的新军就压了过去，一阵排炮过后，新军士兵就开始抓俘虏，大大小小的头目全部处死，剩下的乱党不管是不是被高迎祥强行逼迫的，全部发往台湾垦荒，完全是种快刀斩乱麻的节奏，却错有错着，陕西的治安为之一靖，官府组织生产自救的时候，也少了很多的杂音。
可惜的是，陕西积弊已久，除了自然灾害造成的影响外，还有统治中心东迁，经济中心南迁，整个大西北被排除到大明经济循环体系之外的原因在里面。朱由校虽然加大了对陕西的投入，帮着兴修水利恢复生产，可番薯、玉米大量种植，东昇粮行广设网点的结果，却只能满足当地百姓的吃饭，整个陕西依旧处于整体贫困的处境，需要朝廷从东南地区输血，才能保持地方稳定。
因此，在新政上了正轨之后，朱由校的精力一直都在陕西的发展上，琢磨着如何才能把西北地区纳入大明的经济体系，好让陕西重新恢复昔日的荣光。
可事与愿违，陕西离东南膏腴之地太远了，又没有便利的水上交通，在这个各地产出同质化十分严重的时代，陕西的商品到了东南根本没有竞争力。即便是东南海上贸易量大增，出口商品急缺，也没有商人愿意千里迢迢的到陕西进货。
有鉴于此，朱由校不得不把注意力转到丝绸之路上，希望能重新恢复丝绸之路，让陕西的产出从陆路出口。
可惜的是，朱由校连续找了几个陕西籍或者在陕西做过官的大臣后，却惊愕的发现，自汉朝开始，延续近两千多年的丝绸之路，到了现在已经化为乌有。
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