左季皋创想的“兵商两用”思想只能说是一种良好的愿望，但也终究只是个愿望，真的落实到军舰设计上，是必然要有所侧重的，象法国人为乾国设计的船政“第一号轮船”，按照左季皋的要求，配用的是多为商船使用的立式蒸汽机。采用立式蒸汽机可谓兼有优弊，优点是，立式蒸汽机较为节省平面空间，对于需要在舰内留出大量空间布置货舱的商用目的较有价值。缺点是立式蒸汽机当时主要是商船使用，安装在舰体内对安装位置的高度要求大，势必造成军舰干舷加高，随之而来的就是舷侧战时被弹面积大，中弹概率也高，在炮舰这一用途上存在不小的弊端。而从法国人设计的舰体加大、采用立式蒸汽机、货舱容量扩大为260吨，机舱、货舱几乎占据了舰内三分之二的空间这些特征来看，商船在“第一号轮船”的设计中所占的比重显得过大，但作为商船使用，运货量又太小，缺乏竞争力。因而这样一艘船，看似可以“兵商两用”，实际上是“兵商两误”。
此外，在为船政造船厂选择厂址时，自负的左季皋也犯了很大错误，他拍板所定下的船政船厂厂区所在位置，有先天不足之处，限制了船政的发展。
左季皋选择的船政厂区位于马尾港左侧的江岸，马尾港位于闽江下游的乌龙江、白龙江、琴江三江交汇处，距离闽江入海口30公里，水量充沛，且四周群山环绕，闽江口外又有琅岐岛、马祖列岛等岛屿为天然屏障，是避风条件好、淡水供应充足、不冻不淤的天然良港。
船政厂区选址所在的马尾港左侧江岸虽然地势险要、易守难攻且水量充沛、不淤不积，但是临岸水深过浅，仅仅5米，既不能靠泊吃水深的船只，也无法建造任何吃水接近5米的船只（即便造出来了也无法下水）。
即便是建造吃水不超过5米的船只，下水时还得看江水的情绪，只有趁涨潮时分才能够下水成功；且中岐乡地段土质疏松，不适合开挖传统的石质干船坞。因为这里土质过于疏松，极易引发渗水或是塌方等严重事故，所以后来船政选择使用施工难度较低的“拉伯特”式拖船坞。虽然船政局拥有的拖船坞建成的时候是当时远东第一、世界第二大的拖船坞，但是最大也只能允许2500吨左右的船只上坞维护，在客观上限制了船政局所造船只的吨位。
对于船政厂址选择不当和“兵商两用”思想的弊端，林义哲自然十分清楚，他据理力争，要将船政厂址改在马限山西北簏，婴豆山西交界处，该地土质坚实，适宜建厂，更有马限山为之屏障，可阻台风袭扰。但林义哲的建议遭到了左季皋的部下船政提调周开锡的反对，时任船政大臣也是林义哲姑父的沈佑郸虽然相信林义哲的建议是正确的，但他害怕因此得罪左季皋，一直犹豫不决。但不久之后，一场台风来袭，导致船厂所在江岸发生大面积垮塌，不但辛苦建立起来的船台被毁，还有不少工人死伤。这场天灾使沈佑郸意识到了必须更换船政厂址，于是他力排众议，采纳了林义哲的意见，将厂址迁到林义哲所建议的地方，也就是今天船政的厂址。
为了不得罪左季皋，沈佑郸在上奏朝廷说明台风灾害自己揽下责任和决定迁址的同时，写信告知了左季皋，详细解释了迁址的原因，左季皋担心朝廷追究其选址不当的责任，便赞同了沈佑郸迁址的决定，但对首倡迁址并指责其选址不当的林义哲，则一直心怀不满。
而林左二人的第二次激烈冲突，便是因为“兵商两用”的船型。
尽管林义哲指出了“第一号轮船”的“兵商两用”设计思想之误，但船政大臣沈佑郸不想因此得罪左季皋，是以没有接受林义哲的建议，而是仍按原来“兵商两用”的设计建造“第一号轮船”，即后来的“万年青”号（船名取“万古长青”之意）。
“万年青”号属于船政五年造船计划中的150马力大轮船，船型上大致可以归纳入炮舰一类。“万年青”号的设计母型是法国的“La Motte-Picquet”级炮舰，但又并不是单纯的按样仿造，“万年青”号在尺寸、吨位上都进行了扩大，之所以如此就是为了满足左季皋提出的“兵商两用”目的，在原本炮舰的设计上增加货舱，以便同时具备炮舰和货船的双重身份。
“万年青”号的排水量达到1450吨，几乎是母型的一倍，很大程度上还保留着风帆军舰的特点，船首装有斜桅，主甲板上分布着三根略微向后倾斜的主桅，必要时可以挂起风帆航行。“万年青”号的露天甲板上建筑非常简单，中桅前方是机舱棚和烟囱、风筒，对应的锅炉、蒸汽机就在其下方的舰体内，烟囱之前不远是全舰的指挥中心——横跨两舷的飞桥，上面装有标准罗经，两翼安装航行灯，飞桥之下是一间木制的操舵室，并没有后来军舰上必备的装甲司令塔。作为那个时代军舰的通例，除了操舵室里的主液压舵轮外，“万年青”号后桅之前还有一套备用的人力舵轮，因为军舰吨位较小，因而配备的是双联舵轮。在烟囱、飞桥建筑的前后，甲板上可以看到分布着两组巨大的货舱盖，货舱容量为260吨。机舱、货舱几乎占据了“万年青”舰内三分之二的空间，在剩余的舰首甲板下是锚链舱、厕所、水兵舱等舱室，舰尾剩余的空间则全部是军官生活区。
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